2011년 사업장 단위 복수노조 설립이 허용된 뒤 어떤 노조에 가입했는지에 따라 조합원을 차별하며 특정 노조를 탄압하는 부당노동행위 사례가 들끓었다. 세종호텔도 같은 문제로 논란이 된 사업장 중 하나다. 세종호텔은 복수노조제도 시행 뒤 교섭대표노조가 된 세종연합노조와 2016년 11월 모든 정규직 직원에게 성과연봉제를 적용하는 단체협약을 체결했다. 이듬해