안녕하세요 유선용 노무사 입니다.
말씀하신 보상휴가제의 경우 연장근로수당에 갈음하여 근로자대표가 사용자와 합의하는 경우 수당대신 휴가를 사용할 수 있는 것이고, 연차유급휴가의 경우 출근요건을 갖춘 근로자가 자유롭게 유급휴가를 사용할 수 있는제도 입니다.

질의하신 내용 중 두가지 휴가중 어느것을 먼저 소진해야 하느냐에 관한 이견이 있는 것으로 보이는데, 두 제도 자체는 서로 다른 제도이고, 연차유급휴가의 경우 근로자가 원하는 시기를 지정하여 사용할 수 있는것이기 때문에 근로자가 두 휴가중 원하는 것을 먼저 사용할 수 있는 것이 원칙입니다.

사용자측이 보상휴가제를 먼저 사용해야 한다고 주장하는 것은 타당하지 않습니다.
다만, 보상휴가제를 시행함에 있어 노사합의과정에서 보상휴가를 일정기간 안에 소진하도록
정하는 것은 가능할 수 도 있는데 그런약정이 없다면 근로자의 선택권이 우선하게 됩니다.

추가로 질의내용 있으시면 언제든 문의주시기 바랍니다.
감사합니다.